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第51章 初入实验室(第2页)

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秦语一边说,一边拿著笔在白板上写著,不多时,小白板上就布满了符文一般的数学符號和数据,“这是一组与神经退行性疾病相关的长链非编码rna序列。

这些序列在不同物种间保守性极低,但临床数据又强烈提示它们可能在疾病发生中起调控作用。”

“问题在於,”

秦语指著白板上的一串序列比对图,“用传统的clustalomega、mafft这些工具比对,结果简直一团糟。

高变区域完全无法对齐,更別提识別可能的功能模块了。”

这时,李薇適时补充道:“公司那边希望能在年底前锁定几个有潜力的靶点进入初步筛选。

如果序列比对这关都过不了,后续的保守性分析、二级结构预测、互作网络构建全都无从谈起。”

陈浩然看著白板上的內容,眉头微微一挑,转头对胡彪道,“师弟,你看看这几组序列,適不適用你提出的多序列对比算法,我记得你的论文里有相关的內容。”

“呃,这个……”

“让让,都让让,让我们的小师弟装个逼!”

一边的周明扬叫了起来,一脸兴奋的模样。

胡彪有些懵,看著白板上有如天书一般杂乱无章的序列,扯了扯嘴角,“装逼,装个鬼啊,我才大一,你觉得这东西是我能装的吗?这种序列,光是建模就要好几天……”

“浩然,你怎么看?”

陈浩然摇了摇头,“这些序列长度差异很大,又不能隨意修剪,因为我们不知道修剪閾值,这里面的度很难把握。

剪多了怕丟失功能区域,剪少了又解决不了根本问题,师弟,我不是开玩笑,你的多序列对比算法可能会有帮助,不过,对你的那个算法我还没有吃透,有些地方,还需要你帮忙。”

“浩然,看来你是有思路了?”

秦语似乎看出了点什么,问道。

“也不能算是思路吧。”

陈浩然站起来,走到白板前,拿起记號笔,在白板空白处画了起来,“算是受到师弟那篇论文的启发,如果用动態规划结合熵权模型,我们可以设计一个自適应閾值。

简单来说,不是固定一个长度或复杂度閾值,而是让算法根据局部序列特徵动態决定哪些区域需要被重点对待,哪些可以相对宽鬆。”

他迅速勾勒出一个简单的算法框架:“比如这里,我们可以引入一个基於局部信息熵的权重函数。

在序列高度变化的区域,降低严格比对的权重,允许更多的空位插入;而在相对保守的区域,则提高权重,確保核心功能模块对齐的精確性。”

秦语眼睛一亮:“这相当於给算法加了一个注意力机制,让它知道该在哪里聚焦?”

“可以这么理解。”

陈浩然点头,“不过实现起来,需要在动態规划的核心递推公式里嵌入一个权重调整项。

这就需要师弟的帮助了,毕竟论文是你写的,其中的一些思路,还是你最清楚。”

“那就试试吧!”

胡彪苦笑道。

话都说到这个份上了,想要推辞也不可能了。

接下来的几个小时,陈浩然帮他配置好了计算环境,秦语提供了数据访问路径和元数据说明,周明远则协调了伺服器资源的优先级。

胡彪算是真正见识了一个真正的生物实验室的工作流程。

不管怎么说,收穫还是很大的。

下午,就在他与陈浩然討论算法的时候,手机震动起来,他瞥了一眼屏幕,是林晚晴。

“抱歉,我接个电话。”

他走到实验室外的走廊。

电话刚一接通,林晚晴带著委屈和怒意的声音就传了过来:“胡彪!

你现在在哪?我可被你害惨了!”

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