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像培根一样，开普勒将自己与晦暗神秘的赫尔墨斯主义者和推崇帕拉塞尔苏斯的人区分开来。
在开普勒看来，他们的行为有悖于数学清晰的光亮。
在浮士德时代神奇的魔法猜想中，他将类比和因果关系之间、象征和被象征物之间的思维分开。
“我实际上是与符号做游戏，但我玩的时候永远不会忘记自己是在玩。
因为仅仅通过符号不能证明任何东西。”
这样，信仰和天文物理之间的界限也日趋明确。
开普勒曾经写道，他想证明宇宙的机器不是像一个有神性的东西，而是像一个钟。
除此之外，他从古代汲取经验。
佩尔盖的阿波罗尼乌斯在公元前3世纪下半叶已经开始研究圆锥曲线，为开普勒计算行星轨道提供了不可或缺的基础，而生活在公元前3世纪的亚历山大的帕普斯（PapposvonAlexandria）留下了《数学宝典》，让开普勒获得灵感并成为微积分的开拓者。
数学家上帝
作为科学革命的关键学科，数学在很长一段时间里都是大学的影子学科。
它的主要作用是作为音乐或天文学的技术辅助，帮助画家确定透视结构，帮助水手确认方向，商人做买卖时要用到它，炮兵瞄准时需要它。
直到15世纪下半叶，它才开始涉足科学领域。
在接下来的世纪里，大学里设立了第一批数学教席。
欧洲的算术艺术家现在能与印度和阿拉伯的大师平起平坐，这一切都始于新教德国。
在天主教的欧洲地区，耶稣会士扮演了一个先锋角色，其中就包括克里斯托弗·克拉乌（ChristopherClavius，1538—1612）。
他曾参与格里高利十三世的历法改革，是耶稣会中的领军人物。
他为数学进入罗马耶稣会大学的课程作出了重要贡献。
这所大学成为其他学校的标杆。
大学应该着手研究经验事实，这是很新颖的看法。
欧几里得的几何学中就包含数学原理，用数学证明的方法堪比亚里士多德的三段论，两者具有同样的价值。
自然科学和数学相辅相成。
数学研究的兴起得益于15世纪下半叶柏拉图学说的复兴。
柏拉图和毕达哥拉斯的传统有一个出发点，即宇宙是按照衡量和数量建立的，而且神性就表现在宇宙的规律性和它的美丽之中。
世界的建筑大师上帝突变为数学家。
自然科学，尤其是天文学，最终就像是在寻找等式，造物主就是根据这些等式构建了存在。
这个想法让当时最伟大的一群思想家灵感迸发。
柏拉图学园的门楣上雕刻的铭文被哥白尼借用改换，他的代表作的扉页上写着一句希腊文：“不识几何者不得入内。”
（Meteisageometretoseisito.）开普勒坚信自己被“神圣的愤怒”
控制——柏拉图认为这是一种上帝的启示——他因而才认识到宇宙构建的原则。
事实上，在所罗门的智慧中就曾提到，上帝把一切按照衡量、数量和重量排列。
开普勒和其他人埋首计算的最深动机就是希望在宇宙的显现中破译造物主的语言。
托勒密这个异教徒没能得到理解上帝伟大设计的钥匙，在开普勒看来，就是因为古代宇宙论与他的宇宙观之间的区别。
有时，对了解上帝几何学的渴望会驱使开普勒走上岔路。
在当时已经众所周知的六颗行星之间存在着五个中间地带，这一发现让开普勒很激动：不是正好存在五个完美的柏拉图体，即正四面体、立方体、正八面体、正十二面体和正二十面体？开普勒当时是一个25岁的初学者，他试图证明每个行星轨道可以准确地归为某一个柏拉图体，彼此间都可以和谐相处。
他在《宇宙的奥秘》中认为宇宙和谐、优雅又美丽。
这种天文美学与阿尔贝蒂的标准不谋而合，虽然阿尔贝蒂的美学观是应用于一个完全不同的领域。
人们无法在不丑化的前提下对一个美丽的建筑进行添加或删减，宇宙也是一样，在构建宇宙时不应该出现任何没有意义的东西。
世界建筑显然与文艺复兴时期的建筑相似，它的经济学有美学原因，而美学又是基于宗教信仰。
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